Στα πρώτα χρόνια της «Νέας Ρώμης» υπήρξε το πολιτικό και θρησκευτικό σύμβολο της νέας πρωτεύουσας της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Χτίστηκε δίπλα στο Παλάτι του Αυτοκράτορα, για να συμβολίζει τον χριστιανικό χαρακτήρα της πόλης και τα νέα δεσμά της πολιτικής εξουσίας με τη νέα θρησκεία. Ο ναός της Αγίας Σοφίας υπήρξε ένα από τα σύμβολα της πολιτικής συμμαχίας της Χριστιανοσύνης με την πολιτική ηγεσία της Αυτοκρατορίας.
Η ιστορία του ναού είναι γεμάτη από μεγαλείο και συμφορές. Καταστράφηκε πρώτα σε μια πυρκαγιά. Ακολούθησε νέα καταστροφή όταν η πόλη των πόλεων, η Κωνσταντινούπολη, εξεγέρθηκε το 537. Μετά την εξέγερση, η Αυτοκρατορία προχώρησε στην ανέγερση ενός νέου, εμβληματικού κτιρίου, το οποίο άφησε το στίγμα του στην παγκόσμια αρχιτεκτονική. Ο ένδοξος ναός της Αγίας Σοφίας, με τον θρησκευτικό και πολιτισμικό θησαυρό που θα φύλασσε για αιώνες, με τον μεγαλειώδη τρούλο του, τα φημισμένα καμπαναριά του, και τον ιστορικό γυναικωνίτη του ήταν το σύμβολο μιας Αυτοκρατορίας η οποία επιχειρούσε να αντισταθεί στον χρόνο και στα μεγάλα κοινωνικοοικονομικά προβλήματα που την πολιορκούσαν.
Μέχρι το 1453, τόσο στο εσωτερικό όσο και στον περίγυρο της Αγίας Σοφίας σημειώθηκαν οι πλείστες πολιτικές συναλλαγές, οι οποίες έμελλε να χαράξουν την πορεία και την πτώση της Ανατολικής Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Ο ιστορικός ναός συχνά αποτέλεσε το μέσο άσκησης πίεσης στα χέρια της εκάστοτε πολιτικής και θρησκευτικής ηγεσίας της Βασιλεύουσας. Εκεί κρίθηκε η ανάδυση και η πτώση των κατόχων του Βυζαντινού στέμματος, του πατριαρχικού θρόνου, και η μοίρα των αξιωματούχων, στρατιωτικών και θρησκευτικών λειτουργών που άφησαν την σφραγίδα τους στην μεσαιωνική ιστορία της Ανατολικής Μεσογείου.
Τον 13ο αιώνα, η δυτική συμμαχία που έθεσε υπό την κατοχή της την Πόλη χρησιμοποίησε την Αγία Σοφία ως ένα κατεξοχήν πολιτικό εφαλτήριο βήμα για να επιβάλλει την βραχύβια κατοχή και εξουσία της στα εναπομείναντα εδάφη της Ανατολικής Αυτοκρατορίας. Από τον ίδιο ναό σύμβολο, ο Κωνσταντίνος Παλαιολόγος σχεδόν δυο αιώνες μετά επιχείρησε μάταια να πείσει την άρχουσα τάξη της Πόλης για περισσότερη οικονομική συνεισφορά στην αντίσταση κατά της οθωμανικής εισβολής.
Όταν έπεσε η Πόλη, ο νέος πολιτικός άρχοντας, ο Μωάμεθ ο Πορθητής, επιλέγοντας για τον εαυτό του μεταξύ άλλων τον τίτλο του βασιλιά της Ανατολικής Αυτοκρατορίας, μετέτρεψε την Αγία Σοφία από σύμβολο της Χριστιανοσύνης σε σημείο αναφοράς του Ισλάμ. Η Αγία Σοφία για μια ακόμη φορά χρησιμοποιήθηκε ως ένα πολιτικό μέσο επιβολής της νέας ηγεμονικής δύναμης της Ανατολικής Μεσογείου, η οποία πρώτα με την άλωση της Πόλης και στην συνέχεια της Αιγύπτου, επιχείρησε να συνδυάσει την πολιτική ηγεμονία με το ισλαμικό χαλιφάτο και να επιβάλλει το περίφημο pax ottomanica σε ολόκληρη την Μεσόγειο.
Μέχρι τα χρόνια της πτώσης της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, η Αγία Σοφία εξακολούθησε να εκπληρώνει το αρχικό της «καθήκον». Στην Αγία Σοφία κρίθηκε κατ’ επανάληψη η μοίρα της βασιλείας αρκετών σουλτάνων, και η καριέρα αξιωματούχων και στρατιωτικών της Αυτοκρατορίας. Οι περίφημες εξεγέρσεις των γενίτσεριδων ξεκινούσαν πάντα σε απόσταση αναπνοής από τον αιώνιο ναό. Από το ίδιο σημείο, το παλαιό πολιτικό κατεστημένο της Αυτοκρατορίας επιχείρησε το 1909 να αντισταθεί για ύστατη φορά στους Νεότουρκους αλλά χωρίς καμία επιτυχία.
13 χρόνια μετά ο τελευταίος Σουλτάνος Βαχντεττίν λίγο μετά την τελευταία του προσευχή της Παρασκευής οδηγήθηκε στην εξορία σημαδεύοντας έτσι την τελική πτώση της Αυτοκρατορίας και την ανάδυση της σύγχρονης Δημοκρατίας της Τουρκίας.
Την περίοδο 1923-1924, στις «γειτονιές» της Αγίας Σοφίας, ο τελευταίος Χαλίφης των Μουσουλμάνων, Αμντουλμαντζίντ, εξουσιοδοτημένος από την Μεγάλη Εθνοσυνέλευση της Τουρκίας θα επιχειρούσε μάταια να αντισταθεί στον πολιτικό αυταρχισμό και στο κύμα μεταρρυθμίσεων που προετοίμαζε η κυβέρνηση του Μουσταφά Κεμάλ. Περίπου μια δεκαετία μετά, η κυβέρνηση του Ρεπουμπλικανικού Λαϊκού Κόμματος, η οποία είχε εξορίσει την σουλτανική οικογένεια και καταργήσει το χαλιφάτο, θα μετέτρεπε τον ναό της Αγίας Σοφίας από τέμενος σε μουσείο. Λίγο μετά θα ξεκινούσαν τα έργα συντήρησης που οδήγησαν στην ανακάλυψη των ψηφιδωτών και άλλων πολιτισμικών κειμηλίων του ναού. Με την μετατροπή της Αγίας Σοφίας σε τέμενος, η οποία συνοδεύτηκε από την εδραίωση του κοσμικού καθεστώτος στην Τουρκία, οι κυβερνήσεις της νέας δημοκρατίας έδειχναν στην εσωτερική κοινή γνώμη και στην παγκόσμια κοινότητα ότι αυτές ήταν η κυρίαρχη πολιτική δύναμη της Ανατολίας.
Περίπου έναν αιώνα μετά την ίδρυση της Δημοκρατίας της Τουρκίας, η Αγία Σοφία λαμβάνει ξανά τον ρόλο ενός «πολιτικού εργαλείου», ενός μέσου το οποίο χρησιμοποιεί ο πολιτικός άρχοντας της Ανατολίας για να επιβάλλει τα νέα πολιτικά σχέδια του στη ντόπια κοινωνία και στην ευρύτερη περιοχή. Ενώ λοιπόν η τουρκική οικονομία δέχεται απανωτά πλήγματα, ενώ οι αμφιλεγόμενες κινήσεις στο διπλωματικό πεδίο επικρίνονται διεθνώς και ενώ τα ποσοστά της συντηρητικής κυβερνητικής συμμαχίας οπισθοχωρούν, ο Ρετζέπ Ταγγίπ Ερντογάν επιλέγει να στρέψει το βλέμμα του στην Αγία Σοφία. Μετά την νέα απόφαση της τουρκικής δικαιοσύνης, η επαναλειτουργία του ναού ως τέμενος εξαρτάται από τον Πρόεδρο της Τουρκίας. Εάν λοιπόν δοθεί το πράσινο φως από το Τουρκικό Προεδρικό τότε κατά την επόμενη περίοδο η Αγία Σοφία προβλέπεται να έχει την τύχη τόσων άλλων βυζαντινών ναών της Τουρκίας. Στις ώρες της προσευχής, μαύρες κουρτίνες θα καλύπτουν τα ψηφιδωτά της, ενώ τις υπόλοιπες ώρες ο ναός θα είναι ανοικτός για τους επισκέπτες.
Το αιώνιο πολιτικό εργαλείο του εκάστοτε ηγεμόνα της Μικράς Ασίας λοιπόν, ετοιμάζεται να εκτελέσει για μια ακόμη φορά το «καθήκον» του. Έτσι, η αρχιτεκτονική, ο πολιτισμός, η «σοφία», η θρησκεία θα τεθεί και πάλι στην υπηρεσία της «αθάνατης» πολιτικής.
